超悪党（スーパー・ヴィラン）vs GOTHAM（狂気の街）ヒーロー（ダーク・ナイト）はいつ現われる？革命。黙示録。未来はここ、「GOTHAM（ゴッサム）」にある。インディアン・ヒルの逃亡者が街に放たれた今、ジェームズ・ゴードン（ベン・マッケンジー）はゴッサムの“賞金稼ぎ”として自ら事態を収拾しようとする。ゴードンは、インディアン・ヒルで行われていた恐るべき人体実験の首謀者ヒューゴ・ストレンジ教授（B・D・ウォン）と、その実験対象の一人、フィッシュ・ムーニー（ジェイダ・ピンケット=スミス）を捜し出すという使命を自身に課すのだった。一方、ゴッサム市警のハービー・ブロック刑事（ドナル・ローグ）とナサニエル・バーンズ警部（マイケル・チクリス）は、引き続き“怪物たちに乗っ取られた”街の犯罪と闘い続ける。若きブルース・ウェイン（デヴィッド・マズーズ）は、信頼する執事であり良き指導者でもあるアルフレッド・ペニーワース（ショーン・パートウィー）と、ウェイン産業の元従業員ルーシャス・フォックス（クリス・チョーク）の助けを借りて、“梟（ふくろう）の法廷”と呼ばれる悪名高き犯罪組織の正体に迫るが、ブルースの両親殺害に関する謎は深まる。ゴッサム・シティがさらに混沌とする中、物語は街の最も邪悪な悪党たちを追いながら展開する。ペンギン（ロビン・ロード・テイラー）、エドワード・ニグマ／後のリドラー（コリー・マイケル・スミス）、セリーナ・カイル／後のキャットウーマン（キャムレン・ビコンドヴァ）、バーバラ・キーン（エリン・リチャーズ）、タビサ・ギャラバン／またの名をティグレス（ジェシカ・ルーカス）、そしてブッチ・ギルジーン（ドリュー・パウエル）の面々だ。今シーズンには、後のポイズン・アイビー（マギー・ゲハ）も登場。彼女は、インディアン・ヒルでのある出会いによって、自分の魅力を最大限に利用する若い女性へと生まれ変わっていく。さらに、ツイード・ブラザーズや、狂気と正気の境をさまよう、優れた催眠術師マッド・ハッターことジャービス・テッチ（ベネディクト・サミュエル）の原点を描く。