世界に広まった伝染病と謎の脅威が立ちはだかる！
米海軍の苦難に満ちた戦いを圧倒的スケールで描くミリタリー・パンデミック・アクションのセカンド・シーズンが遂に登場！

ウィリアム･ブリンクリーの人気小説を原作とする『THE LAST SHIP』。ある伝染病が世界中に広まり、人類が壊滅しかけるところからドラマは始まる。世界が危機的な状況の中、アメリカ海軍の駆逐艦ネイサン･ジェームズの乗組員たちはほとんど病魔に冒されていなかった。駆逐艦の位置が、ウイルスが広がる範囲から外れていたからだ。そして今、艦長と船員たちは、この世界に生存しているのが自分たちだけかもしれない、という事実を受け入れなければならなかった。

セカンド･シーズンでは、チャンドラー艦長（エリック･デイン）を始め、スラッタリー副長（アダム･ボールドウィン）や他の乗組員が、ファースト･シーズン終盤でウイルス学者のレイチェル･スコット博士（ローナ･ミトラ）が発見した治療薬の普及に尽力する。だが、祖国のアメリカに到着した彼らは、エイミー･グランダーソンがトップを務める新世界秩序と敵対する。そしてさらに、世界征服を企む危険な敵が登場する。
チャンドラーと一部の船員たちは、ボルチモアで恐るべき真実と運命の逆転を目の当たりにし、反政府派の地下勢力と組んでエイミー･グランダーソンを倒そうとするが、グランダーソンは、そこで大きな決断を下す。 “新世界”でとらわれの身であるレイチェルは、治療薬も残り少ない中、病に伏す人々を懸命に助けようとする。そんな中、スラッタリーとネイサン･ジェームズの船員たちは、負傷したトフェット博士の命を救い、駆逐艦の支配権を取り戻すために時間との闘いに挑んでいく。